Nấm bệnh có thể gây bệnh nghiêm trọng cho rễ, cổ rễ (gốc thân) hoặc thân cây. Một số nấm bệnh chỉ gây hại cho cây con, làm cây con chết trước hoặc sau khi nảy mầm; một số loại khác chỉ gây hại ở rễ con, và một số loài chỉ gây hại trên thân (như Sclerotinia sclerotiorum và Sclerotium rolfsii).

Các triệu chứng trên rễ có thể không điển hình như: Thối rễ con, rễ chính, gốc hoặc thân phá hủy quá trình dẫn nước và dinh dưỡng, làm cho cây còi cọc, lá biến vàng, héo và đôi khi làm chết cây.

Các chi nấm thường gây những bệnh này ở Việt Nam là Phytophthora, Pythium, Fusarium, Sclerotinia, Sclerotium, Rhizoctonia và Phoma. Một tác nhân ký sinh rễ, Plasmodiophora brassicae, gây ra sưng rễ họ thập tự, là loài ký sinh chuyên tính và không thể mọc trên môi trường nhân tạo. Nhóm nấm đảm Basidiomycota gây hại ở gốc và rễ những cây lưu niên (Shivas and Beasley 2005), nhìn chung khó phân lập trong môi trường nhân tạo.

Nấm bệnh thối rễ có thể khó phân lập bởi vì có thể có nhiều nấm và vi khuẩn hoại sinh trong các mô rễ bị bệnh, các vi sinh vật hoại sinh này cũng có thể mọc trên môi trường phân lập - thường mọc lấn át các nấm bệnh.

(a) sưng rễ họ thập tự	(b) héo trên họ thập tự (khỏe [trái] và bệnh [phải]) gây ra do sưng rễ (Plasmodiophora brassicae)
(c) héo Fusarium trên cây cúc tây (chú ý đến sự hình thành khối bào tử trên thân)	(d) teo thắt do Rhizoctonia sp.,
(e) thối rễ ớt do Phytophthora gây héo trầm trọng	(f) gây chết cây
(g) thối rễ và quả lạc do Pythium	(h) quả thể của Gibberella zeae gây ra thối thân ngô

Long Nguyễn (Nguồn: cẩm nang chẩn đoán bệnh cây ở Việt Nam)